Расположен к востоку от Кольского проспекта, в 306-м микрорайоне. С севера от Якорного переулка пролегла улица Беринга, с юга – улица Шевченко. На востоке переулок упирается в Ледокольный проезд. Получил свое название 14 сентября 1976 года. Застроен переулок в основном 9-этажными панельными домами.
7 июля 1978 года в доме 4-а был открыт самый большой в городе ясли-сад №19, в котором функционировало 14 групп и воспитывалось более 320 малышей. Первыми заведующими были Мордалевич Марина Васильевна и Сысоева Галина Евгеньевна.
1 сентября 1980 года открыта средняя общеобразовательная школа №13 по адресу: переулок Якорный, дом 5.
Одно время в переулке находился Первомайский райвоенкомат.